Accessing and Exploring Chemical Data with PubChemR: A Guide to PUG REST Service
Selcuk Korkmaz, Dincer Goksuluk, Bilge Eren Korkmaz
2023-12-19
Exploring_Chemical_Data_with_PubChemR.Rmd1. Introduction
The PubChemR package introduces a pivotal function,
get_pug_rest, designed to facilitate seamless access to the
vast chemical data repository of PubChem. This function leverages the
capabilities of PubChem’s Power User Gateway (PUG) REST service,
providing a straightforward and efficient means for users to
programmatically interact with PubChem’s extensive database. This
vignette aims to elucidate the structure and usage of the PUG REST
service, offering a range of illustrative use cases to aid new users in
understanding its operation and constructing effective requests.
2. PUG REST: A Gateway to Chemical Data
PUG REST, standing for Power User Gateway RESTful interface, is a simplified access route to PubChem’s data and services. It is designed for scripts, web page embedded JavaScript, and third-party applications, eliminating the need for the more complex XML and SOAP envelopes required by other PUG variants. PUG REST’s design revolves around the PubChem identifier (SID for substances, CID for compounds, and AID for assays) and is structured into three main request components: input (identifiers), operation (actions on identifiers), and output (desired information format).
2.1. Key Features of PUG REST:
- Flexibility and Combinatorial Use: PUG REST allows a wide range of combinations of inputs, operations, and outputs, enabling users to create customized requests.
- Support for Various Formats: It supports multiple output formats, including XML, JSON, CSV, PNG, and plain text, catering to different application needs.
- RESTful Design: The service is based on HTTP requests with details encoded in the URL path, making it RESTful and user-friendly.
Usage Policy:
- PUG REST is not intended for extremely high-volume requests (millions). Users are advised to limit their requests to no more than 5 per second to prevent server overload.
- For large data sets, users are encouraged to contact PubChem for optimized query approaches.
3. Accessing PUG REST with get_pug_rest
Overview
The get_pug_rest function in the PubChemR
package provides a versatile interface to access a wide range of
chemical data from the PubChem database. This section of the vignette
focuses on various methods to retrieve chemical structure information
and other related data using the PUG REST service. The function is
designed to be flexible, accommodating different input methods,
operations, and output formats.
3.1. Input Methods
The input part of a PUG REST request specifies the records of interest. There are several ways to define this input, with the most common methods detailed below:
1. By Identifier: Directly specify SIDs or CIDs. For example, to get the names of a substance with SID 10000 in XML format:
result <- get_pug_rest(identifier = "10000", namespace = "sid", domain = "substance", operation = "synonyms", output = "XML")
result
#> $InformationList
#> $InformationList$Information
#> $InformationList$Information$SID
#> $InformationList$Information$SID[[1]]
#> [1] "10000"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "dihydroergotamine"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "511-12-6"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "C07798"
#>
#>
#>
#> attr(,"schemaLocation")
#> [1] "http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pug_rest https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pug_rest/pug_rest.xsd"
#> attr(,"xmlns")
#> [1] "http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pug_rest"
#> attr(,"xmlns:xs")
#> [1] "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"For multiple IDs, a comma-separated list can be used. For instance, to retrieve a CSV table of compound properties:
result <- get_pug_rest(identifier = "1,2,3,4,5", namespace = "cid", domain = "compound", property = c("MolecularFormula","MolecularWeight","CanonicalSMILES"), output = "CSV")
result
#> CID MolecularFormula MolecularWeight CanonicalSMILES
#> 1 1 C9H17NO4 203.24 CC(=O)OC(CC(=O)[O-])C[N+](C)(C)C
#> 2 2 C9H18NO4+ 204.24 CC(=O)OC(CC(=O)O)C[N+](C)(C)C
#> 3 3 C7H8O4 156.14 C1=CC(C(C(=C1)C(=O)O)O)O
#> 4 4 C3H9NO 75.11 CC(CN)O
#> 5 5 C3H8NO5P 169.07 C(C(=O)COP(=O)(O)O)N2. By Name: Referring to a chemical by its common name. Note that a name may refer to multiple records. For example, to get CIDs for “glucose”:
result <- get_pug_rest(identifier = "glucose", namespace = "name", domain = "compound", operation = "cids", output = "TXT")
result
#> V1
#> 1 57933. By Structure Identity: Using SMILES or InChI key to specify a compound. For example, to get the CID for the SMILES string “CCCC” (butane):
result <- get_pug_rest(identifier = "CCCC", namespace = "smiles", domain = "compound", operation = "cids", output = "TXT")
result
#> V1
#> 1 78434. By Structure Search: More sophisticated searches like substructure or similarity searches. These may require asynchronous operations due to the time taken to search the database.
result <- get_pug_rest(identifier = "C1CCCCCC1", namespace = "smiles", domain = "compound", output = "XML", searchtype = "substructure")
result
#> V1
#> 1 78435. By Fast (Synchronous) Structure Search: Faster searches by identity, similarity, substructure, and superstructure that usually return results in a single call. For example, to search by fast identity:
result <- get_pug_rest(identifier = "5793", namespace = "cid", domain = "compound", operation = "cids", output = "TXT", searchtype = "fastidentity", options = list("identity_type = same_connectivity"))
result
#> V1
#> 1 5793
#> 2 206
#> 3 6036
#> 4 18950
#> 5 64689
#> 6 66371
#> 7 79025
#> 8 81696
#> 9 104724
#> 10 185698
#> 11 439353
#> 12 439357
#> 13 439507
#> 14 439583
#> 15 439680
#> 16 441032
#> 17 441033
#> 18 441034
#> 19 441035
#> 20 444314
#> 21 448388
#> 22 448702
#> 23 451187
#> 24 451188
#> 25 451189
#> 26 452245
#> 27 455147
#> 28 657055
#> 29 1549080
#> 30 2724488
#> 31 3000450
#> 32 3034742
#> 33 5319264
#> 34 6102790
#> 35 6321330
#> 36 6323336
#> 37 6400264
#> 38 6560213
#> 39 6971003
#> 40 6971007
#> 41 6971016
#> 42 6971096
#> 43 6971097
#> 44 6971098
#> 45 6992021
#> 46 6992084
#> 47 7018164
#> 48 7043897
#> 49 7044038
#> 50 7098663
#> 51 7098664
#> 52 7157007
#> 53 9794056
#> 54 9815418
#> 55 9834129
#> 56 9899007
#> 57 10035228
#> 58 10081060
#> 59 10103794
#> 60 10130220
#> 61 10197954
#> 62 10219674
#> 63 10219763
#> 64 10313382
#> 65 10329946
#> 66 10899282
#> 67 10954241
#> 68 11019447
#> 69 11030410
#> 70 11344362
#> 71 11367383
#> 72 11412863
#> 73 11480819
#> 74 11492034
#> 75 11571906
#> 76 11571917
#> 77 11600783
#> 78 11651921
#> 79 11672764
#> 80 11959770
#> 81 11970126
#> 82 12003287
#> 83 12193653
#> 84 12285853
#> 85 12285856
#> 86 12285861
#> 87 12285862
#> 88 12285863
#> 89 12285866
#> 90 12285868
#> 91 12285869
#> 92 12285870
#> 93 12285871
#> 94 12285873
#> 95 12285877
#> 96 12285878
#> 97 12285879
#> 98 12285885
#> 99 12285886
#> 100 12285889
#> 101 12285890
#> 102 12285891
#> 103 12285892
#> 104 12285893
#> 105 12285894
#> 106 16054987
#> 107 16211884
#> 108 16211941
#> 109 16211984
#> 110 16211986
#> 111 16212959
#> 112 16212960
#> 113 16212966
#> 114 16213546
#> 115 16213640
#> 116 16213872
#> 117 16217112
#> 118 16219580
#> 119 21355827
#> 120 22825318
#> 121 22836365
#> 122 22836366
#> 123 23424086
#> 124 24802149
#> 125 24802163
#> 126 24802281
#> 127 24892722
#> 128 42626680
#> 129 44328781
#> 130 44328785
#> 131 46188479
#> 132 46780441
#> 133 46897877
#> 134 50939543
#> 135 51340651
#> 136 54445181
#> 137 54445182
#> 138 56845432
#> 139 56845995
#> 140 57197748
#> 141 57288387
#> 142 57483528
#> 143 57691826
#> 144 57973135
#> 145 58070804
#> 146 58265153
#> 147 58265160
#> 148 58265166
#> 149 58265178
#> 150 58265190
#> 151 58265196
#> 152 58300638
#> 153 58594768
#> 154 58595959
#> 155 58618581
#> 156 58969552
#> 157 59034276
#> 158 59036328
#> 159 59040622
#> 160 59083882
#> 161 59105109
#> 162 59125088
#> 163 59146659
#> 164 59383280
#> 165 59445439
#> 166 59503407
#> 167 59503411
#> 168 59886072
#> 169 59965103
#> 170 60052896
#> 171 60078648
#> 172 66629908
#> 173 67518639
#> 174 67615000
#> 175 67615455
#> 176 67641738
#> 177 67938791
#> 178 67944215
#> 179 67944290
#> 180 67950444
#> 181 68167579
#> 182 68324677
#> 183 68334110
#> 184 69528681
#> 185 70443535
#> 186 70543261
#> 187 71309028
#> 188 71309128
#> 189 71309129
#> 190 71309140
#> 191 71309397
#> 192 71309503
#> 193 71309513
#> 194 71309514
#> 195 71309671
#> 196 71309852
#> 197 71309905
#> 198 71309908
#> 199 71309927
#> 200 71317094
#> 201 71317095
#> 202 71317096
#> 203 71317097
#> 204 71317182
#> 205 71777654
#> 206 75357255
#> 207 76973265
#> 208 86278404
#> 209 87297824
#> 210 87929779
#> 211 87931119
#> 212 88255060
#> 213 88547603
#> 214 88974141
#> 215 89000581
#> 216 89200515
#> 217 89332529
#> 218 89374440
#> 219 89424182
#> 220 89742272
#> 221 89855666
#> 222 90057933
#> 223 90159939
#> 224 90346255
#> 225 90470917
#> 226 90472751
#> 227 90472752
#> 228 90472753
#> 229 90472761
#> 230 90472762
#> 231 90472770
#> 232 90473076
#> 233 90781811
#> 234 90895196
#> 235 91057721
#> 236 92043367
#> 237 92043446
#> 238 101015849
#> 239 101033892
#> 240 101254308
#> 241 101254309
#> 242 101254310
#> 243 101254311
#> 244 101254312
#> 245 101254313
#> 246 101254314
#> 247 101254315
#> 248 101469918
#> 249 101513786
#> 250 101718250
#> 251 101718251
#> 252 101796201
#> 253 102089288
#> 254 102447462
#> 255 102447463
#> 256 102601142
#> 257 102601177
#> 258 102601371
#> 259 102601743
#> 260 102601816
#> 261 117064633
#> 262 117064644
#> 263 117065485
#> 264 117633116
#> 265 117768413
#> 266 117938207
#> 267 118797420
#> 268 118797610
#> 269 118797621
#> 270 118797622
#> 271 118855887
#> 272 118855889
#> 273 118855904
#> 274 118855910
#> 275 118855920
#> 276 118855925
#> 277 118924468
#> 278 121494046
#> 279 121494058
#> 280 122360911
#> 281 122522140
#> 282 125309563
#> 283 125353406
#> 284 126704391
#> 285 129629038
#> 286 131698424
#> 287 131698425
#> 288 131698450
#> 289 131699179
#> 290 131842051
#> 291 131966764
#> 292 132939819
#> 293 132939820
#> 294 133119158
#> 295 133119249
#> 296 133121364
#> 297 133662560
#> 298 133662561
#> 299 133662562
#> 300 134695353
#> 301 134860471
#> 302 136898365
#> 303 137554722
#> 304 139025182
#> 305 140565377
#> 306 141697522
#> 307 142119910
#> 308 145874935
#> 309 153238571
#> 310 153238579
#> 311 154008122
#> 312 154724068
#> 313 155920671
#> 314 156615593
#> 315 162642814
#> 316 166450901
#> 317 166606713
#> 318 168357285
#> 319 168358828
#> 320 168361185
#> 321 168361364
#> 322 168361934
#> 323 168362043
#> 324 168363258
#> 325 168364204
#> 326 168365395
#> 327 168365574
#> 328 168366670
#> 329 168371870
#> 330 168372103
#> 331 168375045
#> 332 168375837
#> 333 168375921
#> 334 169440996
#> 335 1694409976. By Cross-Reference (XRef): Reverse lookup by cross-reference value. For example, to find all SIDs linked to a specific patent identifier:
result <- get_pug_rest(identifier = "US20050159403A1", namespace = "xref/PatentID", domain = "substance", operation = "sids", output = "JSON")
result
#> $IdentifierList
#> $IdentifierList$SID
#> [1] 127377127 127382334 127386382 127387376 127394906 127397376 127401897
#> [8] 127417654 127421022 127427561 127429426 127432264 127440404 127440428
#> [15] 127445646 127449926 127457867 127460434 127463574 127464134 127494894
#> [22] 127496937 127498548 127529998 127543991 127546018 127550965 127560184
#> [29] 127566278 127568614 127579066 127599056 127600815 127611817 127623534
#> [36] 127625503 127632433 127671807 127679107 127688846 127691718 127697988
#> [43] 127711332 127715174 127721611 127722233 127724090 127724974 127727269
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#> [57] 127815192 127824113 127825299 127832880 127835824 127841389 127851147
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#> [1457] 415733004 415740875 415748816 415748861 415748865 415748910 415749238
#> [1464] 415749262 415749353 415750692 415812290 415816885 415821932 415824540
#> [1471] 415827755 415827762 415828559 415829165 415830681 415835565 415850432
#> [1478] 415850705 415851694 415853441 415855021 415857010 415859316 415871129
#> [1485] 415872890 415873239 415875742 415939267 415966755 415966911 415967507
#> [1492] 416129933 416132545 419476058 419476730 419479763 419480873 419480972
#> [1499] 419485881 419486666 419490957 419491152 419491791 419492671 419492675
#> [1506] 419492924 419493503 419494003 419494133 419494704 419495016 419495902
#> [1513] 419495947 419496295 419497698 419497700 419497832 419499306 419499403
#> [1520] 419499559 419499585 419499632 419499643 419499837 419499846 419499949
#> [1527] 419500086 419500181 419500734 419500914 419501182 419501547 419501734
#> [1534] 419502131 419502930 419503347 419503687 419503883 419503967 419504952
#> [1541] 419505428 419506158 419506282 419506849 419507096 419507450 419507595
#> [1548] 419510089 419512824 419513193 419513201 419513968 419514082 419514092
#> [1555] 419514098 419514102 419514108 419514115 419514117 419516874 419523755
#> [1562] 419524130 419524875 419525381 419526621 419527521 419531719 419531724
#> [1569] 419531750 419531947 419532553 419532839 419534378 419534410 419534469
#> [1576] 419534484 419535046 419535071 419535113 419536034 419536121 419546112
#> [1583] 419549332 419551105 419551195 419551405 419551879 419551899 419551910
#> [1590] 419552498 419553075 419553096 419553297 419554682 419555018 419555613
#> [1597] 419555769 419557728 419559147 419559194 419559505 419561476 419572553
#> [1604] 419574667 419574686 419578517 419585247 419590036 419590658 419590946
#> [1611] 419591129 419591195 419591612 419592226 419593794 419595719 419681507
#> [1618] 419682519 419690476 419700929 419701108 419705795 419714072 419714186
#> [1625] 419721779 419722600 419724974 419742001 419765198 419765456 419968009
#> [1632] 420012827 420028738 420028752 420028796 420028825 420121099 420132130
#> [1639] 420290406 420482162 420509561 420599383 420599583 420611634 420613278
#> [1646] 420625825 420634933 420662981 420668293 420713373 420762856 420764388
#> [1653] 421051216 421054472 421152487 421168189 421185220 421200485 421285150
#> [1660] 421467012 421467021 421467167 421467814 421467821 421467841 421468181
#> [1667] 421618729 421645675 422224723 422286156 422291469 422291508 422291541
#> [1674] 422291868 422294992 422295060 422302674 422302967 422308315 422308547
#> [1681] 422309266 422309809 422319370 422361298 422394972 422395317 422395612
#> [1688] 422397162 422397173 422397290 422423005 422425739 422425747 422425769
#> [1695] 422478595 422511204 422511386 422536544 422536551 422537057 422537069
#> [1702] 422537094 422537110 422537118 422550741 422568394 422568403 422571327
#> [1709] 422571343 422571354 422571402 422573560 422573909 423390419 424119783
#> [1716] 424296317 424306124 424306736 424309010 424309022 424757743 424766567
#> [1723] 424766737 424803005 424818908 424819603 424819823 424819832 424849043
#> [1730] 424877080 425113081 425114186 425165937 425171162 425193155 425312104
#> [1737] 425396324 425516770 425535208 425897534 425961463 425965903 425967206
#> [1744] 426045728 426078961 426089733 426103724 426106692 426108038 426109622
#> [1751] 426110449 426119983 426121923 426147338 426149755 426150549 426150787
#> [1758] 426157394 426159592 426272317 426288672 426294028 426310077 426324267
#> [1765] 426359948 426412333 426432571 426442188 426459973 426517444 427700056
#> [1772] 431577953 432891950 433323349 433323597 433567908 447595048 447853768
#> [1779] 447923060 448050232 448532098 448892836 449326453 449676699 449681106
#> [1786] 449910701 450051033 450232513 450235101 450485725 450532993 450630545
#> [1793] 450682277 451013988 451180599 451555494 451961792 452145594 452311423
#> [1800] 452516785 452986205 453242316 453516563 453664627 453678106 453867505
#> [1807] 453889148 454241035 454274907 454483135 454611257 454631768 456171974
#> [1814] 456295911 456370357 456371022 456411915 456468049 456636612 456671281
#> [1821] 456739466 456796473 456977526 457169682 457192620 457203572 457280508
#> [1828] 457282502 457310819 457311044 457459970 457460012 457584123 457655803
#> [1835] 457673794 457673796 457815268 457842244 458157987 458347242 458392451
#> [1842] 458393276 458393605 458393636 458393652 458393705 458393708 458393785
#> [1849] 458393799 458393801 458394569 458394830 458394859 458394861 458395827
#> [1856] 458396401 458396411 458396423 458397310 458397365 458427722 466349722
#> [1863] 4825329173.2. Available Data
Once you’ve specified the records of interest in PUG REST, the next step is to define what information you want to retrieve about these records. PUG REST excels in providing access to specific data points about each record, such as individual properties or cross-references, without the need to download and sift through large datasets.
1. Full Records: PUG REST allows the retrieval of entire records in various formats like ASN.1, XML, SDF, and JSON(P). For example, to retrieve the record for aspirin (CID 2244) in SDF format:
get_pug_rest(identifier = "2244", namespace = "cid", domain = "compound", output = "SDF")Multiple records can also be requested in a single call, though large lists may be subject to timeouts.
2. Images: Images of chemical structures can be retrieved by specifying PNG format. This works with various input methods, including chemical names, SMILES strings, and InChI keys. For example, to get an image for the chemical name “lipitor”:
get_pug_rest(identifier = "lipitor", namespace = "name", domain = "compound", output = "PNG")
#> # A tibble: 1 × 7
#> format width height colorspace matte filesize density
#> <chr> <int> <int> <chr> <lgl> <int> <chr>
#> 1 PNG 300 300 sRGB FALSE 0 72x72
#> File has been saved as LIPITOR.png3. Compound Properties: Pre-computed properties for PubChem compounds are accessible individually or in tables. For instance, to get the molecular weight of a compound:
result <- get_pug_rest(identifier = "2244", namespace = "cid", domain = "compound", property = "MolecularWeight", output = "TXT")
result
#> V1
#> 1 180.16Or to retrieve a CSV table of multiple compounds and properties:
result <- get_pug_rest(identifier = "1,2,3,4,5", namespace = "cid", domain = "compound", property = c("MolecularWeight", "MolecularFormula", "HBondDonorCount", "HBondAcceptorCount", "InChIKey", "InChI"), output = "CSV")
result
#> CID MolecularWeight MolecularFormula HBondDonorCount HBondAcceptorCount
#> 1 1 203.24 C9H17NO4 0 4
#> 2 2 204.24 C9H18NO4+ 1 4
#> 3 3 156.14 C7H8O4 3 4
#> 4 4 75.11 C3H9NO 2 2
#> 5 5 169.07 C3H8NO5P 3 6
#> InChIKey
#> 1 RDHQFKQIGNGIED-UHFFFAOYSA-N
#> 2 RDHQFKQIGNGIED-UHFFFAOYSA-O
#> 3 INCSWYKICIYAHB-UHFFFAOYSA-N
#> 4 HXKKHQJGJAFBHI-UHFFFAOYSA-N
#> 5 HIQNVODXENYOFK-UHFFFAOYSA-N
#> InChI
#> 1 InChI=1S/C9H17NO4/c1-7(11)14-8(5-9(12)13)6-10(2,3)4/h8H,5-6H2,1-4H3
#> 2 InChI=1S/C9H17NO4/c1-7(11)14-8(5-9(12)13)6-10(2,3)4/h8H,5-6H2,1-4H3/p+1
#> 3 InChI=1S/C7H8O4/c8-5-3-1-2-4(6(5)9)7(10)11/h1-3,5-6,8-9H,(H,10,11)
#> 4 InChI=1S/C3H9NO/c1-3(5)2-4/h3,5H,2,4H2,1H3
#> 5 InChI=1S/C3H8NO5P/c4-1-3(5)2-9-10(6,7)8/h1-2,4H2,(H2,6,7,8)4. Synonyms: To view all synonyms of a compound, such as Vioxx:
result <- get_pug_rest(identifier = "vioxx", namespace = "name", domain = "compound", operation = "synonyms", output = "XML")
result
#> $InformationList
#> $InformationList$Information
#> $InformationList$Information$CID
#> $InformationList$Information$CID[[1]]
#> [1] "5090"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "rofecoxib"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "162011-90-7"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "Vioxx"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "Ceoxx"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "MK 966"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "4-(4-(Methylsulfonyl)phenyl)-3-phenylfuran-2(5H)-one"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "refecoxib"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "Vioxx Dolor"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "MK-966"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "4-[4-(methylsulfonyl)phenyl]-3-phenylfuran-2(5H)-one"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "MK-0966"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "MK0966"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "4-[4-(methylsulfonyl)phenyl]-3-phenyl-2(5H)-furanone"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "MK 0966"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "rofecoxibum"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "3-(4-methylsulfonylphenyl)-4-phenyl-2H-furan-5-one"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "CCRIS 8967"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "HSDB 7262"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "TRM-201"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "UNII-0QTW8Z7MCR"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "0QTW8Z7MCR"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "NSC-720256"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "NSC-758705"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "CHEBI:8887"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "DTXSID2023567"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "M01AH02"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "3-phenyl-4-[4-(methylsulfonyl)phenyl]-2(5H)-furanone"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "4-(4-(Methylsulfonyl)phenyl)-3-phenyl-2(5H)-furanone"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "4-(p-(Methylsulfonyl)phenyl)-3-phenyl-2(5H)-furanone"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "3-Phenyl-4-(4-(methylsulfonyl)phenyl))-2(5H)-furanone"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "2(5H)-Furanone, 4-[4-(methylsulfonyl)phenyl]-3-phenyl-"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "4-(4-methanesulfonylphenyl)-3-phenyl-2,5-dihydrofuran-2-one"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "CHEMBL122"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "4-(4-methylsulfonylphenyl)-3-phenyl-5H-furan-2-one"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "DTXCID903567"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "TRM201"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "MK966"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "NSC720256"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "NSC 720256"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "NSC 758705"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "2(5H)-Furanone, 4-(4-(methylsulfonyl)phenyl)-3-phenyl-"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "NCGC00095118-01"
#>
#>
#> $InformationList$Information$Synonym
#> $InformationList$Information$Synonym[[1]]
#> [1] "ROFECOXIB (MART.)"
#>
#>
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#> attr(,"schemaLocation")
#> [1] "http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pug_rest https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pug_rest/pug_rest.xsd"
#> attr(,"xmlns")
#> [1] "http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pug_rest"
#> attr(,"xmlns:xs")
#> [1] "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"5. Cross-References (XRefs): PUG REST provides access to various cross-references. For example, to retrieve MMDB identifiers for protein structures containing aspirin:
result <- get_pug_rest(identifier = "2244", namespace = "cid", domain = "compound", operation = c("xrefs","MMDBID"), output = "XML")
result
#> $InformationList
#> $InformationList$Information
#> $InformationList$Information$CID
#> $InformationList$Information$CID[[1]]
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#>
#>
#> $InformationList$Information$MMDBID
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#>
#>
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#> [1] "27242"
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#>
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#> [1] "27954"
#>
#>
#> $InformationList$Information$MMDBID
#> $InformationList$Information$MMDBID[[1]]
#> [1] "54234"
#>
#>
#> $InformationList$Information$MMDBID
#> $InformationList$Information$MMDBID[[1]]
#> [1] "70578"
#>
#>
#> $InformationList$Information$MMDBID
#> $InformationList$Information$MMDBID[[1]]
#> [1] "75951"
#>
#>
#>
#> attr(,"schemaLocation")
#> [1] "http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pug_rest https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pug_rest/pug_rest.xsd"
#> attr(,"xmlns")
#> [1] "http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pug_rest"
#> attr(,"xmlns:xs")
#> [1] "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"Or to find all patent identifiers associated with a given SID:
result <- get_pug_rest(identifier = "137349406", namespace = "sid", domain = "substance", operation = c("xrefs","PatentID"), output = "TXT")
result
#> V1
#> 1 US20030181500A1
#> 2 US20050059720A1
#> 3 US20050124633A1
#> 4 US20050124634A1
#> 5 US20050159403A1
#> 6 US20060008862A1
#> 7 US20060135506A1
#> 8 US20070142442A1
#> 9 US20070179152A1
#> 10 US20070196421A1
#> 11 US20070197957A1
#> 12 US20070198063A1
#> 13 US20070208134A1
#> 14 US20070299043A1
#> 15 US20080125595A1
#> 16 US20090075960A1
#> 17 US20100144696A1
#> 18 US20100144697A1
#> 19 US20100267704A1
#> 20 US20110098273A1
#> 21 US20110177999A1
#> 22 US20110201811A1
#> 23 US7485653
#> 24 US7488721
#> 25 US7585978These examples illustrate the versatility of PUG REST in fetching specific data efficiently. It’s an ideal tool for users who need quick access to particular pieces of information from the vast PubChem database without the overhead of processing bulk data.
3.3. BioAssays
PubChem BioAssays are complex entities containing a wealth of data. PUG REST provides access to both complete assay records and specific components of BioAssay data, allowing users to efficiently retrieve the information they need.
1. Assay Description: To obtain the description section of a BioAssay, which includes authorship, general description, protocol, and data readout definitions, use a request like:
result <- get_pug_rest(identifier = "504526", namespace = "aid", domain = "assay", operation = "description", output = "XML")For a simplified summary format that includes target information, active and inactive SID and CID counts:
result <- get_pug_rest(identifier = "1000", namespace = "aid", domain = "assay", operation = "summary", output = "JSON")2. Assay Data: To retrieve the entire data set of an assay in CSV format:
result <- get_pug_rest(identifier = "504526", namespace = "aid", domain = "assay", output = "CSV")For a subset of data rows, specify the SIDs:
result <- get_pug_rest(identifier = "504526", namespace = "aid", domain = "assay", operation = "XML?sid=104169547,109967232", output = "XML")For concise data (e.g., active concentration readout) with additional information:
result <- get_pug_rest(identifier = "504526", namespace = "aid", domain = "assay", operation = "concise", output = "JSON")For dose-response curve data:
result <- get_pug_rest(identifier = "504526", namespace = "aid", domain = "assay", operation = "doseresponse/CSV?sid=104169547,109967232", output = "CSV")3. Targets: To retrieve assay targets, including protein or gene identifiers:
result <- get_pug_rest(identifier = "490,1000", namespace = "aid", domain = "assay", operation = "targets/ProteinGI,ProteinName,GeneID,GeneSymbol", output = "XML")To select assays via target identifier:
result <- get_pug_rest(identifier = "USP2", namespace = "target/genesymbol", domain = "assay", operation = "aids", output = "TXT")4. Activity Name: To select BioAssays by the name of the primary activity column:
result <- get_pug_rest(identifier = "EC50", namespace = "activity", domain = "assay", operation = "aids", output = "JSON")These examples demonstrate the flexibility of PUG REST in accessing specific BioAssay data. Users can efficiently retrieve detailed descriptions, comprehensive data sets, concise readouts, and target information, making it a valuable tool for researchers and scientists working with BioAssay data.
3.4. Genes
PubChem provides various methods to access gene data, making it a valuable resource for genetic research. Here’s how you can utilize PUG REST to access gene-related information:
1. Gene Input Methods:
- By Gene ID: Access gene data using NCBI Gene identifiers. For example, to get a summary for gene IDs 1956 and 13649 in JSON format:
result <- get_pug_rest(identifier = "1956,13649", namespace = "geneid", domain = "gene", operation = "summary", output = "JSON")
result
#> $GeneSummaries
#> $GeneSummaries$GeneSummary
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#> $GeneSummaries$GeneSummary[[1]]$GeneID
#> [1] 1956
#>
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#>
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#> [1] "epidermal growth factor receptor"
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#>
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#> [1] "Homo sapiens (human)"
#>
#> $GeneSummaries$GeneSummary[[1]]$Description
#> [1] "The protein encoded by this gene is a transmembrane glycoprotein that is a member of the protein kinase superfamily. This protein is a receptor for members of the epidermal growth factor family. EGFR is a cell surface protein that binds to epidermal growth factor, thus inducing receptor dimerization and tyrosine autophosphorylation leading to cell proliferation. Mutations in this gene are associated with lung cancer. EGFR is a component of the cytokine storm which contributes to a severe form of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) resulting from infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). [provided by RefSeq, Jul 2020]"
#>
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#> [1] "ERBB"
#> [2] "ERBB1"
#> [3] "ERRP"
#> [4] "HER1"
#> [5] "NISBD2"
#> [6] "PIG61"
#> [7] "mENA"
#> [8] "EGFR vIII"
#> [9] "avian erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene homolog"
#> [10] "cell growth inhibiting protein 40"
#> [11] "cell proliferation-inducing protein 61"
#> [12] "epidermal growth factor receptor tyrosine kinase domain"
#> [13] "erb-b2 receptor tyrosine kinase 1"
#> [14] "proto-oncogene c-ErbB-1"
#> [15] "receptor tyrosine-protein kinase erbB-1"
#>
#>
#> $GeneSummaries$GeneSummary[[2]]
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#> [1] 13649
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#> [1] "Egfr"
#>
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#> [1] "epidermal growth factor receptor"
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#> $GeneSummaries$GeneSummary[[2]]$Taxonomy
#> [1] "Mus musculus (house mouse)"
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#> [1] ""
#>
#> $GeneSummaries$GeneSummary[[2]]$Synonym
#> [1] "9030024J15Rik"
#> [2] "Erbb"
#> [3] "Errb1"
#> [4] "Errp"
#> [5] "Wa5"
#> [6] "wa-2"
#> [7] "wa2"
#> [8] "avian erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene homolog"
#> [9] "waved 2"- By Gene Symbol: Use the official gene symbol, which often maps to multiple genes. For example, to access data for the EGFR gene symbol:
result <- get_pug_rest(identifier = "EGFR", namespace = "genesymbol", domain = "gene", operation = "summary", output = "JSON")
result
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#> [1] "epidermal growth factor receptor"
#>
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#> [1] 9606
#>
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#> [1] "Homo sapiens (human)"
#>
#> $GeneSummaries$GeneSummary[[1]]$Description
#> [1] "The protein encoded by this gene is a transmembrane glycoprotein that is a member of the protein kinase superfamily. This protein is a receptor for members of the epidermal growth factor family. EGFR is a cell surface protein that binds to epidermal growth factor, thus inducing receptor dimerization and tyrosine autophosphorylation leading to cell proliferation. Mutations in this gene are associated with lung cancer. EGFR is a component of the cytokine storm which contributes to a severe form of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) resulting from infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). [provided by RefSeq, Jul 2020]"
#>
#> $GeneSummaries$GeneSummary[[1]]$Synonym
#> [1] "ERBB"
#> [2] "ERBB1"
#> [3] "ERRP"
#> [4] "HER1"
#> [5] "NISBD2"
#> [6] "PIG61"
#> [7] "mENA"
#> [8] "EGFR vIII"
#> [9] "avian erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene homolog"
#> [10] "cell growth inhibiting protein 40"
#> [11] "cell proliferation-inducing protein 61"
#> [12] "epidermal growth factor receptor tyrosine kinase domain"
#> [13] "erb-b2 receptor tyrosine kinase 1"
#> [14] "proto-oncogene c-ErbB-1"
#> [15] "receptor tyrosine-protein kinase erbB-1"- By Gene Synonym: Access gene data using synonyms like alternative names. For example, for the ERBB1 synonym:
result <- get_pug_rest(identifier = "ERBB1", namespace = "synonym", domain = "gene", operation = "summary", output = "JSON")
result
#> $GeneSummaries
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#> [1] 1956
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#> [1] "EGFR"
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#> $GeneSummaries$GeneSummary[[1]]$Name
#> [1] "epidermal growth factor receptor"
#>
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#> [1] 9606
#>
#> $GeneSummaries$GeneSummary[[1]]$Taxonomy
#> [1] "Homo sapiens (human)"
#>
#> $GeneSummaries$GeneSummary[[1]]$Description
#> [1] "The protein encoded by this gene is a transmembrane glycoprotein that is a member of the protein kinase superfamily. This protein is a receptor for members of the epidermal growth factor family. EGFR is a cell surface protein that binds to epidermal growth factor, thus inducing receptor dimerization and tyrosine autophosphorylation leading to cell proliferation. Mutations in this gene are associated with lung cancer. EGFR is a component of the cytokine storm which contributes to a severe form of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) resulting from infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). [provided by RefSeq, Jul 2020]"
#>
#> $GeneSummaries$GeneSummary[[1]]$Synonym
#> [1] "ERBB"
#> [2] "ERBB1"
#> [3] "ERRP"
#> [4] "HER1"
#> [5] "NISBD2"
#> [6] "PIG61"
#> [7] "mENA"
#> [8] "EGFR vIII"
#> [9] "avian erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene homolog"
#> [10] "cell growth inhibiting protein 40"
#> [11] "cell proliferation-inducing protein 61"
#> [12] "epidermal growth factor receptor tyrosine kinase domain"
#> [13] "erb-b2 receptor tyrosine kinase 1"
#> [14] "proto-oncogene c-ErbB-1"
#> [15] "receptor tyrosine-protein kinase erbB-1"
#>
#>
#> $GeneSummaries$GeneSummary[[2]]
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#> [1] "Rattus norvegicus (Norway rat)"
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#> [1] "promotes cell proliferation and differentiation; mediates GPCR regulated induction of protein synthesis [RGD, Feb 2006]"
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#> [6] "avian erythroblastic leukemia viral (v-erbB) oncogene homolog"
#> [7] "epidermal growth factor receptor, formerly avian erythroblastic leukemia viral (v-erbB) oncogene homolog (Erbb1)"
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#> [1] "epidermal growth factor receptor b (erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene homolog, avian)"
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#> [1] "Danio rerio (zebrafish)"
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#> [1] ""
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- Gene Summary: Returns a summary including GeneID, Symbol, Name, TaxonomyID, Description, and Synonyms. For example:
result <- get_pug_rest(identifier = "1956,13649", namespace = "geneid", domain = "gene", operation = "summary", output = "JSON")
result
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#> [1] 1956
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#> [1] "epidermal growth factor receptor"
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#> [1] "Homo sapiens (human)"
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#> $GeneSummaries$GeneSummary[[1]]$Description
#> [1] "The protein encoded by this gene is a transmembrane glycoprotein that is a member of the protein kinase superfamily. This protein is a receptor for members of the epidermal growth factor family. EGFR is a cell surface protein that binds to epidermal growth factor, thus inducing receptor dimerization and tyrosine autophosphorylation leading to cell proliferation. Mutations in this gene are associated with lung cancer. EGFR is a component of the cytokine storm which contributes to a severe form of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) resulting from infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). [provided by RefSeq, Jul 2020]"
#>
#> $GeneSummaries$GeneSummary[[1]]$Synonym
#> [1] "ERBB"
#> [2] "ERBB1"
#> [3] "ERRP"
#> [4] "HER1"
#> [5] "NISBD2"
#> [6] "PIG61"
#> [7] "mENA"
#> [8] "EGFR vIII"
#> [9] "avian erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene homolog"
#> [10] "cell growth inhibiting protein 40"
#> [11] "cell proliferation-inducing protein 61"
#> [12] "epidermal growth factor receptor tyrosine kinase domain"
#> [13] "erb-b2 receptor tyrosine kinase 1"
#> [14] "proto-oncogene c-ErbB-1"
#> [15] "receptor tyrosine-protein kinase erbB-1"
#>
#>
#> $GeneSummaries$GeneSummary[[2]]
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#> [1] "epidermal growth factor receptor"
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#> [1] 10090
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#> $GeneSummaries$GeneSummary[[2]]$Taxonomy
#> [1] "Mus musculus (house mouse)"
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#> $GeneSummaries$GeneSummary[[2]]$Description
#> [1] ""
#>
#> $GeneSummaries$GeneSummary[[2]]$Synonym
#> [1] "9030024J15Rik"
#> [2] "Erbb"
#> [3] "Errb1"
#> [4] "Errp"
#> [5] "Wa5"
#> [6] "wa-2"
#> [7] "wa2"
#> [8] "avian erythroblastic leukemia viral (v-erb-b) oncogene homolog"
#> [9] "waved 2"- Assays from Gene: Retrieves a list of AIDs tested against a specific gene. For example, for gene ID 13649:
result <- get_pug_rest(identifier = "13649", namespace = "geneid", domain = "gene", operation = "aids", output = "TXT")
result
#> V1
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#> 17 415758
#> 18 415759
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#> 21 1224826
#> 22 1224828
#> 23 1527521
#> 24 1740135
#> 25 1815786
#> 26 1815820
#> 27 1862914
#> 28 1896806- Bioactivities from Gene: Returns concise bioactivity data for a specific gene. For example:
result <- get_pug_rest(identifier = "13649", namespace = "geneid", domain = "gene", operation = "concise", output = "JSON")
result
#> $Table
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#> [1] "AID" "SID" "CID"
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#> [4] "Active"
#> [5] "Q01279"
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#> [7] "Effective concentration"
#> [8] "Inhibition of epidermal growth factor binding in C3H10T1/2 cells"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "1597853"
#> [11] ""
#>
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#>
#>
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#> $Table$Row[[4]]$Cell
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#> [3] "135434086"
#> [4] "Unspecified"
#> [5] "Q01279"
#> [6] "36.9"
#> [7] "IC50"
#> [8] "Inhibition of Epidermal growth factor receptor mediated mitogenesis of NIH3T3 cells"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "9748366"
#> [11] ""
#>
#>
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#> $Table$Row[[5]]$Cell
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#> [4] "Unspecified"
#> [5] "Q01279"
#> [6] "11.3"
#> [7] "IC50"
#> [8] "Inhibition of Epidermal growth factor receptor mediated mitogenesis of NIH3T3 cells"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "9748366"
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#>
#>
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#> $Table$Row[[6]]$Cell
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#> [7] "IC50"
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#> [9] "Confirmatory"
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#> [11] ""
#>
#>
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#> $Table$Row[[7]]$Cell
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#> [4] "Unspecified"
#> [5] "Q01279"
#> [6] "100"
#> [7] "IC50"
#> [8] "Inhibition of epidermal growth factor receptor (EGFR-mediated tyrosine autophosphorylation in mouse fibroblasts."
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "8027985"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[8]]
#> $Table$Row[[8]]$Cell
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#> [3] "5328618"
#> [4] "Unspecified"
#> [5] "Q01279"
#> [6] "100"
#> [7] "IC50"
#> [8] "Inhibition of epidermal growth factor receptor (EGFR-mediated tyrosine autophosphorylation in mouse fibroblasts."
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "8027985"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[9]]
#> $Table$Row[[9]]$Cell
#> [1] "69722"
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#> [4] "Unspecified"
#> [5] "Q01279"
#> [6] "25"
#> [7] "IC50"
#> [8] "Inhibition of epidermal growth factor receptor (EGFR-mediated tyrosine autophosphorylation in mouse fibroblasts."
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "8027985"
#> [11] ""
#>
#>
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#> $Table$Row[[10]]$Cell
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#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "14640561"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[11]]
#> $Table$Row[[11]]$Cell
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#> [4] "Active"
#> [5] "Q01279"
#> [6] "0.2"
#> [7] "IC50"
#> [8] "Inhibition of epidermal growth factor receptor tyrosine kinase (EGFR TK)"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "14640561"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[12]]
#> $Table$Row[[12]]$Cell
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#> [5] "Q01279"
#> [6] "0.07"
#> [7] "IC50"
#> [8] "Inhibition of epidermal growth factor receptor tyrosine kinase (EGFR TK)"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "14640561"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[13]]
#> $Table$Row[[13]]$Cell
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#> [5] "Q01279"
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#> [7] "IC50"
#> [8] "Inhibition of epidermal growth factor receptor tyrosine kinase (EGFR TK)"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "14640561"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[14]]
#> $Table$Row[[14]]$Cell
#> [1] "69724"
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#> [4] "Active"
#> [5] "Q01279"
#> [6] "0.13"
#> [7] "IC50"
#> [8] "Inhibition of epidermal growth factor receptor tyrosine kinase (EGFR TK)"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "14640561"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[15]]
#> $Table$Row[[15]]$Cell
#> [1] "69724"
#> [2] "103399893"
#> [3] "11349700"
#> [4] "Active"
#> [5] "Q01279"
#> [6] "0.11"
#> [7] "IC50"
#> [8] "Inhibition of epidermal growth factor receptor tyrosine kinase (EGFR TK)"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "14640561"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[16]]
#> $Table$Row[[16]]$Cell
#> [1] "69727"
#> [2] "103167027"
#> [3] "5280343"
#> [4] "Unspecified"
#> [5] "Q01279"
#> [6] ""
#> [7] ""
#> [8] "Inhibition of epidermal growth factor (EGF) receptor from A431 cell membranes at 150 uM"
#> [9] "Other"
#> [10] "8201603"
#> [11] ""
#>
#>
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#> $Table$Row[[100]]
#> $Table$Row[[100]]$Cell
#> [1] "1740135"
#> [2] "461555362"
#> [3] "162671649"
#> [4] "Inconclusive"
#> [5] "Q01279"
#> [6] ""
#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[101]]
#> $Table$Row[[101]]$Cell
#> [1] "1740135"
#> [2] "461557317"
#> [3] "162673094"
#> [4] "Active"
#> [5] "Q01279"
#> [6] "9.23"
#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[102]]
#> $Table$Row[[102]]$Cell
#> [1] "1740135"
#> [2] "461557891"
#> [3] "162673491"
#> [4] "Active"
#> [5] "Q01279"
#> [6] "3.79"
#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[103]]
#> $Table$Row[[103]]$Cell
#> [1] "1740135"
#> [2] "461558880"
#> [3] "162674154"
#> [4] "Inconclusive"
#> [5] "Q01279"
#> [6] ""
#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[104]]
#> $Table$Row[[104]]$Cell
#> [1] "1740135"
#> [2] "461562991"
#> [3] "162677073"
#> [4] "Unspecified"
#> [5] "Q01279"
#> [6] "10"
#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[105]]
#> $Table$Row[[105]]$Cell
#> [1] "1815786"
#> [2] "475982343"
#> [3] "166627448"
#> [4] "Unspecified"
#> [5] "Q01279"
#> [6] ""
#> [7] ""
#> [8] "Inhibition of EGFR phosphorylation in mouse BaF3 cells expressing EGFR 19Del/T790M/C797S triple mutant measured after 2 hrs by Western blotting"
#> [9] "Other"
#> [10] "35178175"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[106]]
#> $Table$Row[[106]]$Cell
#> [1] "1815820"
#> [2] "475982343"
#> [3] "166627448"
#> [4] "Unspecified"
#> [5] "Q01279"
#> [6] ""
#> [7] ""
#> [8] "Inhibition of EGFR phosphorylation in mouse BaF3 cells expressing EGFR L858R/T790M/C797S triple mutant measured after 2 hrs by Western blotting"
#> [9] "Other"
#> [10] "35178175"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[107]]
#> $Table$Row[[107]]$Cell
#> [1] "1862914"
#> [2] "482063640"
#> [3] "155431347"
#> [4] "Active"
#> [5] "Q01279"
#> [6] ""
#> [7] ""
#> [8] "Invivo inhibition of EGFR phosphorylation in nude mouse implanted with mouse BaF3 cells harboring EGFR del18/T790M/C797S triple mutant at 20 mg/kg, po administered as single dose and measured upto 24 hrs by Western blot analysis"
#> [9] "Other"
#> [10] "35810715"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[108]]
#> $Table$Row[[108]]$Cell
#> [1] "1896806"
#> [2] "482061797"
#> [3] "166176964"
#> [4] "Unspecified"
#> [5] "Q01279"
#> [6] ""
#> [7] ""
#> [8] "Inhibition of Wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as protein phosphorylation at 10 to 1000 nM incubated for 8 hrs by Western blot analysis"
#> [9] "Other"
#> [10] "36384036"
#> [11] ""
#>
#>
#> $Table$Row[[109]]
#> $Table$Row[[109]]$Cell
#> [1] "1896806"
#> [2] "482062269"
#> [3] "168280117"
#> [4] "Unspecified"
#> [5] "Q01279"
#> [6] ""
#> [7] ""
#> [8] "Inhibition of Wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as protein phosphorylation at 10 to 1000 nM incubated for 8 hrs by Western blot analysis"
#> [9] "Other"
#> [10] "36384036"
#> [11] ""- Pathways from Gene: Provides a list of pathways involving a specific gene. For example, for gene ID 13649:
result <- get_pug_rest(identifier = "13649", namespace = "geneid", domain = "gene", operation = "pwaccs", output = "TXT")
result
#> V1
#> 1 PANTHER:P06664
#> 2 PathBank:SMP0120900
#> 3 PathBank:SMP0120901
#> 4 Reactome:R-MMU-1227986
#> 5 Reactome:R-MMU-1236394
#> 6 Reactome:R-MMU-1266738
#> 7 Reactome:R-MMU-157118
#> 8 Reactome:R-MMU-162582
#> 9 Reactome:R-MMU-177929
#> 10 Reactome:R-MMU-179812
#> 11 Reactome:R-MMU-180292
#> 12 Reactome:R-MMU-180336
#> 13 Reactome:R-MMU-182971
#> 14 Reactome:R-MMU-199991
#> 15 Reactome:R-MMU-212718
#> 16 Reactome:R-MMU-2179392
#> 17 Reactome:R-MMU-372790
#> 18 Reactome:R-MMU-373760
#> 19 Reactome:R-MMU-388396
#> 20 Reactome:R-MMU-416476
#> 21 Reactome:R-MMU-422475
#> 22 Reactome:R-MMU-445144
#> 23 Reactome:R-MMU-5653656
#> 24 Reactome:R-MMU-881907
#> 25 Reactome:R-MMU-8848021
#> 26 Reactome:R-MMU-8856825
#> 27 Reactome:R-MMU-8856828
#> 28 Reactome:R-MMU-8857538
#> 29 Reactome:R-MMU-8939211
#> 30 Reactome:R-MMU-9006927
#> 31 Reactome:R-MMU-9006931
#> 32 Reactome:R-MMU-9006934
#> 33 Reactome:R-MMU-9009391
#> 34 Reactome:R-MMU-9012852
#> 35 Reactome:R-MMU-9013507
#> 36 Reactome:R-MMU-9675108
#> 37 WikiPathways:WP1261
#> 38 WikiPathways:WP265
#> 39 WikiPathways:WP2841
#> 40 WikiPathways:WP339
#> 41 WikiPathways:WP3663
#> 42 WikiPathways:WP488
#> 43 WikiPathways:WP493
#> 44 WikiPathways:WP523
#> 45 WikiPathways:WP5242
#> 46 WikiPathways:WP572
#> 47 WikiPathways:WP85These methods offer a comprehensive way to access and analyze gene-related data in PubChem, catering to various research needs in genetics and molecular biology.
3.5. Proteins
PubChem provides a versatile platform for accessing detailed protein data, essential for researchers in biochemistry and molecular biology. Here’s how you can utilize PUG REST for protein-related queries:
1. Protein Input Methods:
- By Protein Accession: Use NCBI Protein accessions to access protein data. For example, to get a summary for protein accessions P00533 and P01422 in JSON format:
result <- get_pug_rest(identifier = "P00533,P01422", namespace = "accession", domain = "protein", operation = "summary", output = "JSON")
result
#> $ProteinSummaries
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$ProteinAccession
#> [1] "P00533"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$Name
#> [1] "Epidermal growth factor receptor"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$TaxonomyID
#> [1] 9606
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$Taxonomy
#> [1] "Homo sapiens (human)"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$Synonym
#> [1] "EC 2.7.10.1"
#> [2] "Proto-oncogene c-ErbB-1"
#> [3] "Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1"
#>
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[2]]
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[2]]$ProteinAccession
#> [1] "P01422"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[2]]$Name
#> [1] "Short neurotoxin 2"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[2]]$TaxonomyID
#> [1] 96794
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[2]]$Taxonomy
#> [1] "Naja annulifera (banded Egyptian cobra)"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[2]]$Synonym
#> [1] "Toxin CM-14" "Toxin V-N-I2"By Protein Synonym: Access protein data using synonyms or identifiers from external sources. For example, using a ChEMBL ID:
result <- get_pug_rest(identifier = "ChEMBL:CHEMBL203", namespace = "synonym", domain = "protein", operation = "summary", output = "JSON")
result
#> $ProteinSummaries
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$ProteinAccession
#> [1] "P00533"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$Name
#> [1] "Epidermal growth factor receptor"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$TaxonomyID
#> [1] 9606
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$Taxonomy
#> [1] "Homo sapiens (human)"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$Synonym
#> [1] "EC 2.7.10.1"
#> [2] "Proto-oncogene c-ErbB-1"
#> [3] "Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1"2. Available Protein Data:
- Protein Summary: Returns a summary including ProteinAccession, Name, TaxonomyID, and Synonyms. For example:
result <- get_pug_rest(identifier = "P00533,P01422", namespace = "accession", domain = "protein", operation = "summary", output = "JSON")
result
#> $ProteinSummaries
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$ProteinAccession
#> [1] "P00533"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$Name
#> [1] "Epidermal growth factor receptor"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$TaxonomyID
#> [1] 9606
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$Taxonomy
#> [1] "Homo sapiens (human)"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[1]]$Synonym
#> [1] "EC 2.7.10.1"
#> [2] "Proto-oncogene c-ErbB-1"
#> [3] "Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1"
#>
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[2]]
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[2]]$ProteinAccession
#> [1] "P01422"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[2]]$Name
#> [1] "Short neurotoxin 2"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[2]]$TaxonomyID
#> [1] 96794
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[2]]$Taxonomy
#> [1] "Naja annulifera (banded Egyptian cobra)"
#>
#> $ProteinSummaries$ProteinSummary[[2]]$Synonym
#> [1] "Toxin CM-14" "Toxin V-N-I2"Assays from Protein: Retrieves a list of AIDs tested against a specific protein. For example, for protein accession P00533:
result <- get_pug_rest(identifier = "P00533", namespace = "accession", domain = "protein", operation = "aids", output = "TXT")
result
#> V1
#> 1 1433
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#> 3 1727
#> 4 1729
#> 5 1731
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#> 9 3365
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#> 12 7890
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#> 17 7909
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#> 148 69411
#> 149 69412
#> 150 69413
#> 151 69414
#> 152 69415
#> 153 69416
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#> 155 69418
#> 156 69419
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#> 158 69421
#> 159 69422
#> 160 69423
#> 161 69424
#> 162 69425
#> 163 69426
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#> 168 69431
#> 169 69432
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#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
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#> [6] ""
#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
#>
#>
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#> $Table$Row[[89]]$Cell
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#> [7] "GI50"
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#> [9] "Confirmatory"
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#> [9] "Confirmatory"
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#> $Table$Row[[91]]$Cell
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#> [9] "Confirmatory"
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#> $Table$Row[[92]]$Cell
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#> [4] "Unspecified"
#> [5] "13649"
#> [6] "10"
#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
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#>
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#> [9] "Confirmatory"
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#> [9] "Confirmatory"
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#> $Table$Row[[95]]$Cell
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#> [5] "13649"
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#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
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#> $Table$Row[[96]]$Cell
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#> [4] "Unspecified"
#> [5] "13649"
#> [6] "10"
#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
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#> $Table$Row[[97]]$Cell
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#> [6] ""
#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
#>
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#> $Table$Row[[98]]$Cell
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#> [5] "13649"
#> [6] "9.23"
#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
#>
#>
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#> $Table$Row[[99]]$Cell
#> [1] "1740135"
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#> [3] "162673491"
#> [4] "Active"
#> [5] "13649"
#> [6] "3.79"
#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
#>
#>
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#> $Table$Row[[100]]$Cell
#> [1] "1740135"
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#> [3] "162674154"
#> [4] "Inconclusive"
#> [5] "13649"
#> [6] ""
#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
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#>
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#> $Table$Row[[101]]$Cell
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#> [7] "GI50"
#> [8] "Inhibition of wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as reduction in cell proliferation incubated for 72 hrs by Celltiter-Glo luminescent cell viability assay"
#> [9] "Confirmatory"
#> [10] "32619886"
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#> $Table$Row[[102]]$Cell
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#> [5] "13649"
#> [6] ""
#> [7] ""
#> [8] "Inhibition of EGFR phosphorylation in mouse BaF3 cells expressing EGFR 19Del/T790M/C797S triple mutant measured after 2 hrs by Western blotting"
#> [9] "Other"
#> [10] "35178175"
#>
#>
#> $Table$Row[[103]]
#> $Table$Row[[103]]$Cell
#> [1] "1815820"
#> [2] "475982343"
#> [3] "166627448"
#> [4] "Unspecified"
#> [5] "13649"
#> [6] ""
#> [7] ""
#> [8] "Inhibition of EGFR phosphorylation in mouse BaF3 cells expressing EGFR L858R/T790M/C797S triple mutant measured after 2 hrs by Western blotting"
#> [9] "Other"
#> [10] "35178175"
#>
#>
#> $Table$Row[[104]]
#> $Table$Row[[104]]$Cell
#> [1] "1862914"
#> [2] "482063640"
#> [3] "155431347"
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#> [5] "13649"
#> [6] ""
#> [7] ""
#> [8] "Invivo inhibition of EGFR phosphorylation in nude mouse implanted with mouse BaF3 cells harboring EGFR del18/T790M/C797S triple mutant at 20 mg/kg, po administered as single dose and measured upto 24 hrs by Western blot analysis"
#> [9] "Other"
#> [10] "35810715"
#>
#>
#> $Table$Row[[105]]
#> $Table$Row[[105]]$Cell
#> [1] "1896806"
#> [2] "482061797"
#> [3] "166176964"
#> [4] "Unspecified"
#> [5] "13649"
#> [6] ""
#> [7] ""
#> [8] "Inhibition of Wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as protein phosphorylation at 10 to 1000 nM incubated for 8 hrs by Western blot analysis"
#> [9] "Other"
#> [10] "36384036"
#>
#>
#> $Table$Row[[106]]
#> $Table$Row[[106]]$Cell
#> [1] "1896806"
#> [2] "482062269"
#> [3] "168280117"
#> [4] "Unspecified"
#> [5] "13649"
#> [6] ""
#> [7] ""
#> [8] "Inhibition of Wild type EGFR in mouse BaF3 cells assessed as protein phosphorylation at 10 to 1000 nM incubated for 8 hrs by Western blot analysis"
#> [9] "Other"
#> [10] "36384036"Pathways from Protein: Provides a list of pathways involving a specific protein. For example, for protein accession P00533:
result <- get_pug_rest(identifier = "P00533", namespace = "accession", domain = "protein", operation = "pwaccs", output = "TXT")
result
#> V1
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#> 9 Interaction
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#> 21 Interaction
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#> 31 Database:erbb_network_pathway
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#> 33 Interaction
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#> 66 Reactome:R-HSA-1227986
#> 67 Reactome:R-HSA-1227990
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#> 72 Reactome:R-HSA-1643685
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#> 88 Reactome:R-HSA-445144
#> 89 Reactome:R-HSA-5637810
#> 90 Reactome:R-HSA-5637812
#> 91 Reactome:R-HSA-5638302
#> 92 Reactome:R-HSA-5638303
#> 93 Reactome:R-HSA-5653656
#> 94 Reactome:R-HSA-5663202
#> 95 Reactome:R-HSA-73857
#> 96 Reactome:R-HSA-74160
#> 97 Reactome:R-HSA-881907
#> 98 Reactome:R-HSA-8848021
#> 99 Reactome:R-HSA-8856825
#> 100 Reactome:R-HSA-8856828
#> 101 Reactome:R-HSA-8857538
#> 102 Reactome:R-HSA-8864260
#> 103 Reactome:R-HSA-8866910
#> 104 Reactome:R-HSA-8939211
#> 105 Reactome:R-HSA-9006927
#> 106 Reactome:R-HSA-9006931
#> 107 Reactome:R-HSA-9006934
#> 108 Reactome:R-HSA-9009391
#> 109 Reactome:R-HSA-9012852
#> 110 Reactome:R-HSA-9013507
#> 111 Reactome:R-HSA-9634638
#> 112 Reactome:R-HSA-9664565
#> 113 Reactome:R-HSA-9665348
#> 114 Reactome:R-HSA-9665686
#> 115 Reactome:R-HSA-9675108
#> 116 WikiPathways:WP1984
#> 117 WikiPathways:WP2643
#> 118 WikiPathways:WP2840
#> 119 WikiPathways:WP5144
#> 120 WikiPathways:WP5158
#> 121 WikiPathways:WP5322These methods offer a comprehensive approach to accessing and analyzing protein-related data in PubChem, supporting a wide range of research applications in the fields of biochemistry, molecular biology, and pharmacology.
3.6. Pathways
PubChem’s PUG REST service offers a detailed and comprehensive approach to accessing pathway information, crucial for researchers in fields like bioinformatics, pharmacology, and molecular biology. Here’s how to utilize PUG REST for pathway-related queries:
1. Pathway Input Methods:
By Pathway Accession: The primary method to access pathway data in PubChem. Pathway Accession is formatted as Source:ID. For example, to get a summary for the Reactome pathway R-HSA-70171 in JSON format:
get_pug_rest(identifier = "Reactome:R-HSA-70171", namespace = "pwacc", domain = "pathway", operation = "summary", output = "JSON")2. Available Pathway Data:
Pathway Summary: Returns a summary including PathwayAccession, SourceName, Name, Type, Category, Description, TaxonomyID, and Taxonomy. For example:
get_pug_rest(identifier = "Reactome:R-HSA-70171,BioCyc:HUMAN_PWY-4983", namespace = "pwacc", domain = "pathway", operation = "summary", output = "JSON")Compounds from Pathway: Retrieves a list of compounds involved in a specific pathway. For example, for the Reactome pathway R-HSA-70171:
get_pug_rest(identifier = "Reactome:R-HSA-70171", namespace = "pwacc", domain = "pathway", operation = "cids", output = "TXT")Genes from Pathway: Provides a list of genes involved in a specific pathway. For example, for the Reactome pathway R-HSA-70171:
get_pug_rest(identifier = "Reactome:R-HSA-70171", namespace = "pwacc", domain = "pathway", operation = "geneids", output = "TXT")Proteins from Pathway: Returns a list of proteins involved in a given pathway. For example, for the Reactome pathway R-HSA-70171:
get_pug_rest(identifier = "Reactome:R-HSA-70171", namespace = "pwacc", domain = "pathway", operation = "accessions", output = "TXT")These methods offer a streamlined and efficient way to access and analyze pathway-related data in PubChem, supporting a wide range of research applications in bioinformatics, molecular biology, and related fields.
3.7. Taxonomies
PubChem’s PUG REST service provides a comprehensive approach to accessing taxonomy information, essential for researchers in fields like biology, pharmacology, and environmental science. Here’s how to utilize PUG REST for taxonomy-related queries:
1. Taxonomy Input Methods:
By Taxonomy ID: The primary method to access taxonomy data in PubChem using NCBI Taxonomy identifiers. For example, to get a summary for human (Taxonomy ID 9606) and SARS-CoV-2 (Taxonomy ID 2697049) in JSON format:
result <- get_pug_rest(identifier = "9606,2697049", namespace = "taxid", domain = "taxonomy", operation = "summary", output = "JSON")
result
#> $TaxonomySummaries
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$TaxonomyID
#> [1] 9606
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$ScientificName
#> [1] "Homo sapiens"
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$CommonName
#> [1] "human"
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$Rank
#> [1] "species"
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$RankedLineage
#> Species Genus Family Order Class Phylum
#> "" "Homo" "Hominidae" "Primates" "Mammalia" "Chordata"
#> Kingdom Superkingdom
#> "Metazoa" "Eukaryota"
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$Synonym
#> [1] "Homo sapiens Linnaeus, 1758" "Homo sapiens"
#> [3] "human"
#>
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[2]]
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[2]]$TaxonomyID
#> [1] 2697049
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[2]]$ScientificName
#> [1] "Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[2]]$CommonName
#> [1] ""
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[2]]$Rank
#> [1] "no rank"
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[2]]$RankedLineage
#> Species
#> "Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus"
#> Genus
#> "Betacoronavirus"
#> Family
#> "Coronaviridae"
#> Order
#> "Nidovirales"
#> Class
#> "Pisoniviricetes"
#> Phylum
#> "Pisuviricota"
#> Kingdom
#> "Orthornavirae"
#> Superkingdom
#> "Viruses"
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[2]]$Synonym
#> [1] "2019-nCoV"
#> [2] "COVID-19 virus"
#> [3] "HCoV-19"
#> [4] "Human coronavirus 2019"
#> [5] "SARS-2"
#> [6] "SARS2"
#> [7] "SARS-CoV-2"
#> [8] "SARS-CoV2"
#> [9] "Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2"By Taxonomy Synonym: Access taxonomy data using synonyms like scientific or common names. For example, for Homo sapiens:
result <- get_pug_rest(identifier = "Homo sapiens", namespace = "synonym", domain = "taxonomy", operation = "summary", output = "JSON")
result
#> $TaxonomySummaries
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$TaxonomyID
#> [1] 9606
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#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$ScientificName
#> [1] "Homo sapiens"
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$CommonName
#> [1] "human"
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$Rank
#> [1] "species"
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$RankedLineage
#> Species Genus Family Order Class Phylum
#> "" "Homo" "Hominidae" "Primates" "Mammalia" "Chordata"
#> Kingdom Superkingdom
#> "Metazoa" "Eukaryota"
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$Synonym
#> [1] "Homo sapiens Linnaeus, 1758" "Homo sapiens"
#> [3] "human"2. Available Taxonomy Data:
Taxonomy Summary: Returns a summary including TaxonomyID, ScientificName, CommonName, Rank, RankedLineage, and Synonyms. For example:
result <- get_pug_rest(identifier = "9606,10090,10116", namespace = "taxid", domain = "taxonomy", operation = "summary", output = "JSON")
result
#> $TaxonomySummaries
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$TaxonomyID
#> [1] 9606
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$ScientificName
#> [1] "Homo sapiens"
#>
#> $TaxonomySummaries$TaxonomySummary[[1]]$CommonName
#> [1] "human"
#>
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#> [1] "species"
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#> [1] "house mouse" "LK3 transgenic mice"
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#> [1] "species"
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#> "Metazoa" "Eukaryota"
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#> [1] "brown rat" "Buffalo rat"
#> [3] "laboratory rat" "Mus norvegicus Berkenhout, 1769"
#> [5] "Mus norvegicus" "Norway rat"
#> [7] "rat" "rats"
#> [9] "Rattus norvegicus" "Rattus PC12 clone IS"
#> [11] "Rattus sp. strain Wistar" "Sprague-Dawley rat"
#> [13] "Wistar rats" "zitter rats"Assays and Bioactivities: Retrieves a list of assays (AIDs) associated with a given taxonomy. For example, for SARS-CoV-2:
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#> [9] "Determination of antiviral efficacy in high-content imaging assay in Vero E6 cells infected with SARS-CoV-2 (USA-WA1/2020 isolate) at MOI 0.75 after 24 hrs"
#> [10] "Confirmatory"
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#> [12] ""
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#> [7] "1.1"
#> [8] "EC50"
#> [9] "Determination of antiviral efficacy in high-content imaging assay in Vero E6 cells infected with SARS-CoV-2 (USA-WA1/2020 isolate) at MOI 0.75 after 24 hrs"
#> [10] "Confirmatory"
#> [11] ""
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#> [10] "Confirmatory"
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#> [6] ""
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#> [8] "EC50"
#> [9] "Determination of antiviral efficacy in high-content imaging assay in Vero E6 cells infected with SARS-CoV-2 (USA-WA1/2020 isolate) at MOI 0.75 after 24 hrs"
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#> [9] "Determination of antiviral efficacy in high-content imaging assay in Vero E6 cells infected with SARS-CoV-2 (USA-WA1/2020 isolate) at MOI 0.75 after 24 hrs"
#> [10] "Confirmatory"
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#>
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#> $Table$Row[[13]]$Cell
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#> [6] ""
#> [7] "0.19"
#> [8] "EC50"
#> [9] "Determination of antiviral efficacy in high-content imaging assay in Vero E6 cells infected with SARS-CoV-2 (USA-WA1/2020 isolate) at MOI 0.75 after 24 hrs"
#> [10] "Confirmatory"
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#> [7] "1.2"
#> [8] "EC50"
#> [9] "Determination of antiviral efficacy in high-content imaging assay in Vero E6 cells infected with SARS-CoV-2 (USA-WA1/2020 isolate) at MOI 0.75 after 24 hrs"
#> [10] "Confirmatory"
#> [11] ""
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#> $Table$Row[[15]]$Cell
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#> [6] ""
#> [7] "0.14"
#> [8] "EC50"
#> [9] "Determination of antiviral efficacy in high-content imaging assay in Vero E6 cells infected with SARS-CoV-2 (USA-WA1/2020 isolate) at MOI 0.75 after 24 hrs"
#> [10] "Confirmatory"
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#> [12] ""
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#> [10] "Confirmatory"
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#> [6] ""
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#> [8] "EC50"
#> [9] "Determination of antiviral efficacy in high-content imaging assay in Vero E6 cells infected with SARS-CoV-2 (USA-WA1/2020 isolate) at MOI 0.75 after 24 hrs"
#> [10] "Confirmatory"
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#> $Table$Row[[18]]
#> $Table$Row[[18]]$Cell
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#> [5] ""
#> [6] ""
#> [7] "0.5"
#> [8] "EC50"
#> [9] "Determination of antiviral efficacy in high-content imaging assay in Vero E6 cells infected with SARS-CoV-2 (USA-WA1/2020 isolate) at MOI 0.75 after 24 hrs"
#> [10] "Confirmatory"
#> [11] ""
#> [12] ""These methods offer a streamlined and efficient way to access and analyze taxonomy-related data in PubChem, supporting a wide range of research applications in biology, pharmacology, environmental science, and related fields.
3.8. Cell Lines
PubChem’s PUG REST service offers a valuable resource for accessing detailed information about various cell lines, crucial for research in cellular biology, pharmacology, and related fields. Here’s how to effectively use PUG REST for cell line-related queries:
1. Cell Line Input Methods:
By Cell Line Accession: Utilize Cellosaurus and ChEMBL cell line accessions for precise data retrieval. For example:
result <- get_pug_rest(identifier = "CHEMBL3308376,CVCL_0045", namespace = "cellacc", domain = "cell", operation = "summary", output = "JSON")
result
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#> [9] "Graham 293" "Graham-293"
#> [11] "Human Embryonic Kidney 293"By Cell Line Synonym: Access data using cell line names or other synonyms. For instance, for the HeLa cell line:
result <- get_pug_rest(identifier = "HeLa", namespace = "synonym", domain = "cell", operation = "summary", output = "JSON")
result
#> $CellSummaries
#> $CellSummaries$CellSummary
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]$CellAccession
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#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]$SourceTaxonomyID
#> [1] 9606
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]$SourceOrganism
#> [1] "Homo sapiens (human)"
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]$Synonym
#> [1] "HELA" "Hela" "He La"
#> [4] "He-La" "HeLa-CCL2" "Henrietta Lacks cells"
#> [7] "Helacyton gartleri"2. Available Cell Line Data:
Cell Line Summary: Provides a comprehensive overview including CellAccession, Name, Sex, Category, SourceTissue, SourceTaxonomyID, SourceOrganism, and Synonyms. For example:
result <- get_pug_rest(identifier = "CVCL_0030,CVCL_0045", namespace = "cellacc", domain = "cell", operation = "summary", output = "JSON")
result
#> $CellSummaries
#> $CellSummaries$CellSummary
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]$CellAccession
#> [1] "CVCL_0030"
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]$Name
#> [1] "HeLa"
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]$Sex
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#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]$Category
#> [1] "Cancer cell line"
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]$SourceTissue
#> [1] "uterine cervix"
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]$SourceTaxonomyID
#> [1] 9606
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]$SourceOrganism
#> [1] "Homo sapiens (human)"
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[1]]$Synonym
#> [1] "HELA" "Hela" "He La"
#> [4] "He-La" "HeLa-CCL2" "Henrietta Lacks cells"
#> [7] "Helacyton gartleri"
#>
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[2]]
#> $CellSummaries$CellSummary[[2]]$CellAccession
#> [1] "CVCL_0045"
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#> [1] "HEK293"
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[2]]$Sex
#> [1] "Female"
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[2]]$Category
#> [1] "Transformed cell line"
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[2]]$SourceTissue
#> [1] "kidney"
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[2]]$SourceTaxonomyID
#> [1] 9606
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[2]]$SourceOrganism
#> [1] "Homo sapiens (human)"
#>
#> $CellSummaries$CellSummary[[2]]$Synonym
#> [1] "Hek293" "HEK-293"
#> [3] "HEK/293" "HEK 293"
#> [5] "HEK;293" "293"
#> [7] "293 HEK" "293 Ad5"
#> [9] "Graham 293" "Graham-293"
#> [11] "Human Embryonic Kidney 293"Assays and Bioactivities from Cell Line: Retrieves a list of assays (AIDs) tested on a specific cell line. For example, for HeLa:
result <- get_pug_rest(identifier = "HeLa", namespace = "synonym", domain = "cell", operation = "aids", output = "TXT")
result
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#> [8] "EC50"
#> [9] "Tested for antirhinoviral activity of compound against HRV 25 infected H1HeLa cells; Cytotoxicity at > 10 uM"
#> [10] "Confirmatory"
#> [11] "11858991"
#> [12] ""These methods provide an efficient and targeted approach to access and analyze cell line-related data in PubChem, supporting a wide range of research applications in cellular biology, pharmacology, and related fields.